První osídlení Kréty se datuje do doby kamenné 6000 let př. n. l. až 2600 let př. n. l. Ve 3. a 2. tisíciletí př. n. l. – tedy v období neolitu se stala Kréta jedním ze středisek pokročilé mínojské kultury. Kolem roku 1700 př. n. l. došlo k zemětřesení.
Po znovuobnovení se Kréta díky objevu výroby bronzu, hrnčířství a kovotepectví stala námořní mocností v Egejském moři. Toto období bylo také ve znamení stavby paláců, ukázkovou stavbou je palác v Knossos. Došlo k celkovému rozvoji umění.
Kolem roku 1450 př. n. l. došlo k poničení Kréty v důsledku výbuchu sopky na Théře (Santorini). Poté se na ostrově usídlili Achájové. V období 900 až 650 let př. n. l. se přistěhovali Dórové. V té době zde vzniklo kolem 100 navzájem soupeřících městských států. Také zde prosperoval námořní obchod s Orientem.
V období od roku 650 př. n. l. do roku 332 př. n. l. se hovoří o tzv. archaické a klasické době. Zatímco krétská opevněná města spolu válčili, na řecké pevnině vznikala mocná střediska jako Athény a Korint.
Mezi lety 332 př. n. l. až 67 př. n. l. se městské státy připojily k jednotlivým helénským dynastiím. Římané zlikvidovali námořní pirátství a v roce 67 př. n. l. ovládli Krétu, hlavním městem se stal Gortis. Za římské nadvlády se ostrovu dařilo, ačkoliv se dostal z centra dění.
V roce 395 až 823 vládla Krétě Východořímská (později Byzantská) říše. V roce 824 podmanili ostrov Arabští muslimové, které roku 961 vystřídala opět Byzantská nadvláda. Od roku 1204 po 4. křížové výpravě získaly Krétu Benátky. V té době se zde usídlilo přes 10 000 kolonizátorů.
Roku 1645 obsadili Turci Chanii a o 23 let později také Iráklion. Až do roku 1898 probíhaly četné vzpoury proti cizí nadvládě. Byly vedeny boje za připojení k Hellénskému království a díky přímluvě Velké Británie získala Kréta konečně v roce 1898 autonomii. Ze zmocnění sultána převzal nad ostrovem vládu princ Georg, druhý syn řeckého krále.
V roce 1913 připadla Kréta oficiálně Řecku. V čele této iniciativy stál revolucionář a státník Eleftherios Venizelos. S touto událostí byla spojena i repatriace muslimské populace zpět do Turecka v letech 1921 až 1922. Jejich procentuální podíl klesl na Krétě ze 45 % na 11 %.
Roku 1941 byla Kréta obsazena německými nacisty, jednalo se o první parašutistické výsadky v dějinách. Na straně nacistů přinesla tato vzdušná operace 4000 až 7000 mrtvých vojáků. Za okupace probíhala na Krétě urputná partyzánská obrana. Po osvobození se Kréta stala opět součástí Řecka.