Historie osídlení tohoto území sahá až do 1. století př. n. l., tehdy se zde usadili Keltové na úpatí Gellértova vrchu. Přibližně v roce 89 vznikla na sever od dnešního centra města římská osada Aquincum, která se roku 106 stala hlavním městem provincie Pannonia Inferior. Pannonii obýval na střídání kmen Hunů, Ostrogótů, Langobardů, Avarů, Slovanů, až se zde na začátku 10. století usídlili Maďaři pod vedením knížete Arpáda.
Jedním z bezpečných útočišť Maďarů se stal Budín (později Starší Budín) ležící na pravém břehu řeky Dunaje, který byl v blízkém sousedství tehdejšího města Aquinca. Teorie o vzniku názvu města Budín jsou dvě – jednou z možností je odvození od jména Arpádova bratra – Budy, druhou od slovanského označení příbytku. Na levém břehu se oficiální existence Pešti datuje od roku 1148.
Vývoj města byl v roce 1242 narušen mongolským pádem, jenž zplundroval celou středovýchodní Evropu. Po této události nechal uherský král Béla IV. (Vojtěch IV.) postavit po celé zemi kamenné hrady. Jeden z nich vznikl na kopci ležícím na jihu od (Starého) Budína, dnes takzvaném Hradním vrchu (Várhegy). V rozmezí 13. až 16. století obsadili pevnost uherští králové. V jejím okolí se postupem času rozrůstala zástavba, až vzniklo město, které přejalo část označení sousedícího Starého Budína a vznikl tak Budín (maďarský název – Buda, německý název Ofen).
Budín a Pešť prosperovaly zejména za vlády Zikmunda Lucemburského, v tomto období byla například v roce 1395 založena místní univerzita. Budapešťské trojměstí se svými 30 000 obyvateli patřilo spolu s Prahou, Vídní a Krakovem k největším městům střední Evropy. Mělo také významné postavení na trhu s dobytkem a vínem. Tento rozkvět trval pouze do vítězství Turků v bitvě u Moháče v roce 1526. Poté se z Budína coby metropole uherského státu stalo pouze provinční město a sídlo budínského pašaliku.
Z některých křesťanských kostelů se staly mešity, pár jich bylo také zbořeno. Velká část maďarských a německých měšťanů uteklo jinam. Jejich místo obsadili Osmanskou říší porobení Srbové, Arméni a Řekové. Střet osmanské a uherské kultury se projevil samozřejmě také v lázeňství. Historie některých současných lázní sahá až do dob turecké nadvlády.
Z turecké nadvlády se Budín vymanil až roku 1686, kdy byl dobyt habsburským vojskem. Město se začalo rychle renovovat a z Bratislavy do něj přesídlily nejdůležitější uherské instituce. Velký význam pro město měla stavba řetězového mostu spojujícího Budín a Pešť, který vznikl v letech 1839 -1849 zásluhou hraběte Istvána Széchenyie. V roce 1848 došlo ke spojení Budína, Starého Budína a Pešti, to však trvalo pouze rok. Po rakousko-uherském vyrovnání v roce 1867 byl konečně uznán maďarský stát. V lednu 1873 byla města opět sjednocena.
Město opět prosperovalo až do 1. světové války. Přicházeli noví obyvatelé (zejména Slováci, Němci a Židé), rozvíjel se průmysl a zlepšovala doprava. Velký zlom přinesla porážka v 1. světové válce a rozpad Rakouska-Uherska. Maďarsko se zmenšilo o dvě třetiny. Budapešť se však vyvíjel dál a v roce 1930 dosáhl milionu obyvatel.
Ohromné ztráty utrpěla Budapešť a její obyvatelé samozřejmě během 2. světové války. Značnou hmotnou škodu zanechalo ustupující německé vojsko v roce 1944, kdy odpálilo všechny mosty přes řeku Dunaj. V únoru 1945 byla Budapešť obsazena Rudou armádou a svobody se dočkala opět až v roce 1990.